当教会は、1903年（明治36年）に、日本福音教会の金子吉之助牧師によって、中里町（現在の上町１丁目）において伝道が開始され、1906年（明治39年）に、「横須賀福音教会」が設立されました。その後、関東大震災による罹災のために、1931年（昭和6年）に、現在地に移転し、翌年、教会付属の「聖心幼稚園」が開園しました。1941年（昭和16年）、日本基督教団の合同に参加して、「横須賀中里教会」と改称し、幼稚園も「戦時保育園」と改称しました。戦後、幼稚園は名称を元の聖心幼稚園に戻しました。1959年（昭和34年）、町名変更などの理由により、名称を、教会を「横須賀上町教会」そして幼稚園を「横須賀上町教会付属めぐみ幼稚園」と改称して今日に至ります。

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